Die Ausbildung ist berufsbegleitend organisiert und dauert mindestens 5 Jahre. Sie beginnt für die Auszubildenden mit der Aufnahme der Lehranalyse, gefolgt von der Teilnahme an Theorieveranstaltungen und der Durchführung psychoanalytischer Erstuntersuchungen. PsychologInnen müssen außerdem die praktische Tätigkeit nach PsychthG absolvieren. Diese erste Phase der Ausbildung findet ihren Abschluss im Vorkolloquium. Nach erfolgreichem Vorkolloquium werden eigene psychoanalytische Behandlungen unter Supervision eines Lehranalytikers / einer Lehranalytikerin durchgeführt.

Die Zulassung für die berufsrechtlich relevanten Prüfungen erfolgt nach Ableisten der vom PthG beziehungsweise der Ärztlichen Weiterbildungsordnung der Landesärztekammer geforderten Ausbildungsinhalte (Übersicht im download-Bereich). PsychologInnen erlangen den berufsrechtlichen Abschluss als "Psychologische PsychotherapeutIn" mit Bereichsbezeichnung "Psychoanalyse, Tiefenpsychologie" und die damit verbundene Approbation nach erfolgreichem Bestehen einer staatlichen Prüfung beim Regierungspräsidium. ÄrztInnen müssen zur Anerkennung der berufsrechtlichen Zusatzbezeichnung "Psychoanalyse" eine Prüfung bei der Landesärztekammer ablegen sowie eine Facharztausbildung in Psychiatrie, Psychosomatik oder Kinder- und Jugendpsychiatrie abgeschlossen haben. Einzelne Bestandteile der Ausbildung am Institut für Psychoanalyse Stuttgart-Tübingen können sie für die fachärztliche Weiterbildung nutzen.

Nach mindestens zwei Ausbildungsanalysen mit vier Wochenstunden, die jeweils mindestens 300 Stunden umfassen, können die Auszubildenden zur Abschlussprüfung der Deutschen Psychoanalytischen Vereinigung (DPV) (Kolloquium) zugelassen werden. Das erfolgreiche Bestehen des Kolloquiums stellt den privatrechtlichen Abschluss der psychoanalytischen Ausbildung nach den Ausbildungsrichtlinien der DPV dar und ermöglicht die Mitgliedschaft in der DPV, der Internationalen Psychoanalytischen Vereinigung (IPV) und der Deutschen Gesellschaft für Psychoanalyse, Psychotherapie, Psychosomatik und Tiefenpsychologie (DGPT). Dies schafft eine geistige Heimat für die Zeit nach der Ausbildung und ermöglicht den Austausch mit KollegInnen sowie die Teilnahme an wissenschaftlichen Veranstaltungen – sowohl in den Instituten als auch bundesweit und international.